Основные притоки: слева — Гнилуша, Руза, Яуза, Неглинная, Истра, Нерская, справа — Жужа, Городня, Сетунь, Коломенка, Северка, Пахра. К бассейну реки Москвы относится 362 реки и более 500 ручьев.Крупнейшие из притоков Москва-реки в пределах города Москвы (после Яузы, Неглинной, Сетуни и Городни):
Сходня, Нищенка с Пономаркой (Чурилихой), Химка, Котловка, Чура, Таракановка, Пресня, Филька.

Список притоков Москвы-реки (км от устья Москвареки):

    7 км: Коломенка (пр)
    16 км: Северка (пр)
    17 км: Велегушка (лв)
    22 км: Мезенка (Лукьяновка) (лв)
    27 км: Семиславка (лв)
    31 км: Медведка (лв)
    43 км: Нерская (лв)
    44 км: Отра (пр)
    80 км: Велинка (пр)
    85 км: Гжелка (лв)
    94 км: Хрипань (?)
    103 км: Быковка (лв)
    110 км: Пехорка (лв)
    120 км: Пахра (пр)
    141 км: Городня (пр)
    157 км: Нищенка (Гравороновка) (лв)
    174 км: Яуза (лв)
    184 км: Сетунь (пр)
    214 км: канал имени Москвы (лв)
    214,8 км: Химка (лв)
    218 км: Сходня (лв)
    223 км: Банька (лв)
    243 км: Медвенка (пр)
    245 км: Липка (лв)
    247 км: Истра (лв)
    257 км: Вязёмка (пр)
    277 км: Нахавня (пр)
    282 км: Сторожка (л)
    284 км: Островка (?)
    292 км: Дубешня (лв)
    293 км: Малодельня (лв)
    296 км: Жуковка (лв)
    298 км: Сетунь (пр)
    342 км: Руза (лв)
    344 км: Елица (пр)
    358,3 км: Искона (лв)
    358,6 км: Ведомка (пр)
    363 км: Палевка (лв)
    386 км: Колочь (пр)
    404 км: Лусянка (пр)
    415 км: Иночь (Иноча) (лв)
    419 км: Песочня (лв)
    427 км: Замошня (лв)
    434 км: Зароченка (Заречка) (лв)